Werner war seit Anfang März vertragslos, nachdem die Indianapolis Colts den Linebacker entlassen hatten, um sein Gehalt zu sparen.
Von 2013 bis März 2016 spielte Werner für die Colts und kam in 38 Spielen auf 6,5 Sacks. In der abgelaufenen Saison kam er in zehn spielen auf elf Tackles und eine Fumble Recovery.