"Ich weiß von unzähligen Begegnungen, wie respektvoll sich die Entscheidungsträger beider Vereine begegnen", sagte Niersbach am Donnerstag in Berlin.
Auch in der Vorbereitung auf das Endspiel im DFB-Pokal zwischen beiden Klubs am 17. Mai in Berlin sieht Niersbach keine Probleme.
"Wenn dieses Spiel angepfiffen wird, dann geht es alleine um die sportliche Rivalität", betonte der DFB-Boss: "Wenn dann aber doch mal etwas passiert, dann ist das wie im richtigen Leben: Das glättet sich wieder."
Im Halbfinal-Rückspiel der Champions League am kommenden Dienstag ist Niersbach derweil von einem Weiterkommen der Münchner überzeugt. "Ich glaube ganz fest daran, dass der FC Bayern es schafft. Wenn eine Mannschaft das jetzt umbiegen kann, ist das der FC Bayern", sagte Niersbach in Berlin.
Dass der deutsche Meister am Mittwoch im Hinspiel mit 0:1 bei Real Madrid verloren hatte, sorgt nicht für Kopfzerbrechen: "Wir richten uns darauf ein, den FC Bayern in Lissabon im Endspiel zu sehen."