Der 25-Jährige war Mitte Juni an der Achillessehne operiert worden und stand Trainer Pep Guardiola in dieser Saison noch nicht zur Verfügung.
In der vergangenen Spielzeit war Kirchhoff an Ligarivale Schalke 04 ausgeliehen.
Sein letztes Pflichtspiel für die Königsblauen absolvierte er am 16. Mai.
Jan Kirchhoff im Steckbrief