1998 war der heute 67-jährige Holzhäuser vom DFB nach Leverkusen gewechselt. Bis 2004 war er kaufmännischer Geschäftsführer, ehe er nach dem Ausscheiden von Reiner Calmund alleiniger Geschäftsführer wurde. Nach dem Verlassen des operativen Geschäfts wurde Holzhäuser 2013 in den Gesellschafterausschuss der Fußballtochter der Bayer AG berufen.
In seiner Zeit beim DFB galt Holzhäuser als Wegbereiter des modernen Profifußballs und der DFL. Unter seiner Federführung wurde die Lizenzierung der Profiklubs eingeführt, die die Vereine vor Überschuldung schützen soll. Es folgte der Zusammenschluss der Profiklubs zum Ligaverband mit der Gründung der operativen Tochtergesellschaft DFL.
Dem Kölner Stadt-Anzeiger sagte Holzhäuser am Freitag: "43 Jahre Fußball fast immer in der ersten Reihe sind genug. Jetzt will ich mich endgültig dem Privatleben widmen. Zumal ich einen gehörigen Teil meines Lebens nach Mallorca verlegt habe."
