Der 28 Jahre alte Schweizer Nationalspieler unterschrieb beim Serienmeister einen Vertrag bis 2021. In den vergangenen dreieinhalb Jahren erzielte Stocker für Berlin in 76 Einsätzen neun Tore.
"Ich freue mich enorm, wieder das FCB-Trikot überstreifen zu dürfen", sagte Stocker, der schon von 2006 bis 2014 für Basel spielte und dort sechs Meisterschaften gewann.