Die Tätigkeit von Trainer Hansi Flick sieht der frühere Bayern-Spieler da weitaus positiver. "Hansi Flick hat das Jupp-Heynckes-Gefühl wieder zurück gebracht und die Mannschaft vereint", sagte Matthäus: "Er ist ein Menschenfänger und hat gute Ansprachen. Bayern spielt jetzt wieder viel dominanter, auch wenn sie zwei Bundesligaspiele knapp verloren haben. Deswegen glaube ich, dass Hansi Flick ein Trainer für die Bayern ist - auch über die Saison hinaus."
Unter Flick gehören die Münchner laut dem langjährigen Bayern-Profi Matthäus sogar zu den Favoriten in der Champions-League: "Hinter Liverpool traue ich fünf bis sechs Mannschaften auch den Titel zu - da ist der FC Bayern eine davon. Der FC Liverpool ist das Nonplusultra, wobei ich mir nicht sicher bin, ob die Mannschaft dieses Niveau bis zum Schluss durchhält. Wenn der FC Bayern diesen Elan behält, den sie jetzt haben, kann man an den Champions-League-Titel denken."