Der Keeper hatte sich beim 3:1-Erfolg des deutschen Rekordmeisters im Supercup bei Borussia Dortmund eine Kapselverletzung am rechten Sprunggelenk zugezogen.
"Er hat eine kleine Kapselproblematik, nichts Dramatisches. Es braucht aber trotzdem Ruhe", sagte Nagelsmann. Neuer (35) fehlte deshalb auch bei den Trainingseinheiten am Donnerstag und Freitag.
Als Ersatz steht Sven Ulreich bereit, der im Sommer vom Hamburger SV zu den Bayern zurückgekehrt war. "Sven macht das gut", so Nagelsmann. Neuer hatte am Dienstag in der Partie gegen den BVB durchgespielt.
Verzichten muss Nagelsmann gegen Köln auch auf Kingsley Coman. Der Franzose steht aufgrund einer Einblutung im Gesäß nicht zur Verfügung. Coman hatte sich ebenfalls in Dortmund verletzt. Für ihn dürfte Leroy Sane in die Startelf rücken.