Robbie Kruse mit einem Turbo-Tor nach 28 Sekunden und Emre Can (77.) trafen für die Leverkusener, die damit für das Aus des Halbfinalisten der Vorsaison sorgten.
Daran änderte auch das Tor von Matthias Ginter (19.) nichts. Für die Breisgauer, die am Sonntag im Punktspiel gegen den VfL Wolfsburg antreten müssen, steht nun der Abstiegskampf in der Liga und die entscheidende Partie um den Einzug in die K.o.-Phase der Europa League am Donnerstag gegen den FC Sevilla im Vordergrund.
Blitztor durch Kruse
Die 16.400 Zuschauer waren noch nicht richtig auf ihren Plätzen, da führte der Bundesliga-Zweite bereits. Kruse, Australiens Fußballer des Jahres, nutzte einen Aussetzer von Nicolas Höfler.
Nur zwei Minuten später vergab Heung-Min Son eine nahezu identische Möglichkeit. Kurz darauf hätte Kapitän Simon Rolfes die Führung der Leverkusener, bei denen Sidney Sam und Sebastian Boenisch fehlten, fast ausgebaut (4.).
Leverkusen zu Beginn dominant
Die Gastgeber, die ohne die Langzeitverletzten Julian Schuster, Mensur Mujdza, Jonathan Schmid und Vegar Hedenstad auskommen mussten, waren in der Anfangsphase völlig von der Rolle.
In der 11. Minute leistete sich Abwehrchef Fallou Diagne einen haarsträubenden Fehler, Stefan Kießling scheiterte aber am Freiburger Torwart Oliver Baumann.
Der Bundesliga-Drittletzte war mit dem knappen Rückstand nach einer Viertelstunde sehr gut bedient, auch wenn Ginter in der 14. Minute eine gute Chance zum Ausgleich hatte.
Ginter mit dem Ausgleich
Kurz darauf machte es der 19-Jährige, der auf dem Wunschzettel vieler Topklubs steht, nach Vorarbeit des Tschechen Vladimir Darida besser.
Bei dem Kopfballtor sah vor allem Bayer-Innenverteidiger Ömer Toprak, der früher das Freiburger Trikot trug, schlecht aus.
Torwart Bernd Leno machte zwar eine unglückliche Figur, den Keeper traf aber keine Schuld.
Can wird zum Matchwinner
Ginter hätte kurz vor der Pause sogar für die Freiburger Führung sorgen können, doch seinen Kopfball klärten Leno und Philipp Wollscheid in einer Co-Produktion wohl noch vor dem Überqueren der Torlinie (37.).
Nach dem Seitenwechsel passierte zunächst nicht viel in beiden Strafräumen. Dann prüfte Ginter mit einem sehenswerten Distanzschuss Leno (54.).
Von den Gästen kam in der Offensive viel zu wenig, der schwache Kießling wurde in der 64. Minute durch Eren Derdiyok ersetzt.
In dieser Phase deutete vieles auf einen Erfolg der Freiburger hin. Dann aber schlug Can mit einem satten Rechtsschuss aus 20 Metern zu.
SC Freiburg - Bayer Leverkusen: Zahlen und Fakten zum Spiel
