In Sapporo traf Kagawa bei seinem Länderspiel-Comeback in der 34. Minute zur Pausenführung und setzte nach dem 2:0 durch Keisuke Honda (52.) auch den Schlusspunkt (53.).
Kagawa hatte im Halbfinale der Asienmeisterschaft ebenfalls gegen Südkorea im Januar einen Mittelfußbruch erlitten und ein halbes Jahr pausiert.
Zaccheroni bleibt ungeschlagen
Die Japaner, die auch im elften Match unter dem italienischen Trainer Alberto Zaccheroni ungeschlagen blieben, liefen mit Trauerflor zu Ehren von Naoki Matsuda auf.
Der 40-malige Nationalspieler war in der vergangenen Woche mit nur 34 Jahren an den Folgen eines Herzinfarkts verstorben.
Shinji Kagawa im Steckbrief