Dem 45-Jährigen, der seit 2003 auch Finanzchef war, wird vorgeworfen, seine treuhänderische Verantwortung missbraucht zu haben. Dies sei in einer internen Untersuchung festgestellt worden.
Die FIFA gab keine weiteren Details preis. Sie verwies darauf, dass sie ihre Zusammenarbeit mit den entsprechenden Untersuchungsgremien fortsetzen werde.
Markus Kattner hatte von September 2015 bis Mai interimsmäßig als FIFA-Generalsekretär fungiert, nachdem Amtsinhaber Jérôme Valcke von der Ethikkommission der FIFA wegen Amtsmissbrauchs für zwölf Jahre suspendiert worden war.
Am 13. Mai übernahm die senegalesische Diplomatin Fatma Samoura das Amt der Generalsekretärin, das unter dem neuen FIFA-Präsidenten Gianni Infantino eine deutliche Aufwertung erhalten hat.