Die neue Generalsekretärin Fatma Samoura (Senegal) erhält jährlich ein Salär von 1,3 Millionen Schweizer Franken (1,186 Millionen Euro).
Für das laufende Geschäftjahr 2016 erhalten beide Topfunktionäre allerdings keinerlei Bonuszahlungen. Für künftige Boni sollen zunächst noch neue Richtlinien erarbeitet werden. Vor gut drei Monaten waren jahrelange Bonuszahlungen an eine Clique um den gesperrten Infantino-Vorgänger Joseph S. Blatter (Schweiz) bekannt geworden.
Infantino und Samoura stehen zudem jeweils ein Dienstwagen eines FIFA-Sponsors sowie monatlich rund 1800 Euro Spesen zur Verfügung. Der FIFA-Präsident darf zudem kostenfrei eine Dienstwohnung nutzen.
Insbesondere Infantinos Gehalt sorgte nach öffentlich gewordenen Forderungen des ehemaligen Generalsekretärs der Europäischen Fußball-Union (UEFA) im internen Kreis monatelang für Diskussionen. Vor dem Hintergrund der auf dem Wahlkongress im vergangenen Februar in Zürich beschlossenen Reform stand außerdem im Raum, dass der Präsidenten-Posten aufgrund der weitgehend nur noch strategisch-repräsentativen Aufgaben niedriger entlohnt werden könnte als das Amt des Generalsekretärs, in dem Samoura als Leiterin des operativen Geschäfts fungiert.