Der Gabuner belegte am Donnerstag in Nigerias Hauptstadt Abuja den zweiten Platz, im Rahmen der Gala der afrikanischen Konföderation CAF wurde der Algerier Riyad Mahrez (25) als Sieger geehrt.
Alle Afrikas Fußballer des Jahres seit 1993: Yaya, Auba und Co.
Der Stürmer von Leicester City hatte in der vergangenen Saison mit 17 Toren und 10 Vorlagen entscheidenden Anteil am Erfolg des englischen Überraschungsmeisters.
Der Senegalese Sadio Mané (24), der unter Jürgen Klopp für den FC Liverpool spielt, belegte den dritten Platz. Aubameyang war im vergangenen Jahr zu Afrikas Fußballer des Jahres gewählt worden und war damit erster Gewinner aus der Bundesliga.