Willian (90.+3) erhöhte für die Gastgeber, ehe Dominic Calvert-Lewin (90.+4) im ersten Spiel nach der Trennung von Teammanager Ronald Koeman verkürzte.
Dortmunds Champions-League-Gegner Tottenham Hotspur schied derweil nach einem 2:3 (2:0) gegen West Ham United im Achtelfinale aus.