Luca Schuler brachte die Schalker in der 22. Minute in Führung, doch Ansgar Knauff (38.) und Niklas Dams (41.) drehten die Partie noch vor der Pause.
In der zweiten Hälfte sorgten Richmond Tachie (47.), Philipp Harlaß (73.) und Kolbeinn Birgir Finnsson (82.) für klare Verhältnisse zu Gunsten der Dortmunder.
Der BVB bleibt damit in der 4. Liga ungeschlagen. Bislang steht das Team von Trainer Enrico Maaßen bei einer Bilanz von zehn Siegen und zwei Unentschieden in zwölf Partien.
Für die Schalker, die im Mittelfeld der Tabelle liegen, war es dagegen bereits die vierte Niederlage. Dem gegenüber stehen fünf Siege und sechs Remis.