Pfannenschmidt hatte den TBV zu Beginn der vergangenen Spielzeit übernommen und auf den neunten Tabellenplatz geführt. Zuvor betreute der 40-Jährige von 2009 bis 2013 die A-Jugend und die zweite Mannschaft des Klubs.
"Niels hat im vergangenen Jahr gute Arbeit geleistet und die Chance, die wir ihm eingeräumt haben, als Profitrainer Fuß zu fassen, mehr als genutzt", sagte TBV-Geschäftsführer Jörg Zereike.