Kovac hatte die damals 29-jährige Klub-Ikone Müller während seiner Amtszeit in München zwischen 2018 und 2019 phasenweise zum Reservisten degradiert und gesagt: "Wenn Not am Mann sein sollte, wird er mit Sicherheit auch seine Minuten bekommen." Die Aussagen sorgten damals für großen Wirbel.
Kovac fühlt sich aber missverstanden. "Ich wollte damit sagen: Wenn es nicht laufen sollte, wird er sicher kommen. Ich meinte damit aber nicht, dass er Notnagel war", sagte Kovac am Sonntag bei Sky90. "Ich dachte, ich bin des Deutschen gut bewandert, aber ich habe mich da einfach vertan."
Zudem bekannte Kovac, dass Müller unter ihm "aus heutiger Sicht mehr hätte spielen können. Aus jetziger Sicht und in Zukunft würde ich das nicht mehr so machen. Mein Fehler".
Kovac führte den FC Bayern 2019 zum Double, wurde nach einem durchwachsenen Saisonstart aber schon im November der Folgesaison entlassen. Seitdem trainierte Kovac die AS Monaco und den VfL Wolfsburg, aktuell ist er ohne Klub.