Zehn Landesverbände stimmten gegen das Paket, fünf Stimmen waren ungültig, 16 Mitglieds-Länder fehlten beim Kongress.
"Lassen Sie mich für das Vertrauen danken, dass Sie heute dem Council entgegen gebracht haben, indem sie den Reform-Vorschlägen zugestimmt haben", sagte der zweimalige britische Olympiasieger Coe: "Dies ist ein sehr wichtiger Moment in der Geschichte unseres Sports."
Coe hatte angesichts der Skandale um Doping in Russland sowie um die Korruption in der Ära seines Vorgängers Lamine Diack im Juli ein 15-Punkte-Programm vorgestellt, das die IAAF wieder in geordnete Bahnen lenken soll.
Macht des Präsidenten soll beschränkt werden
Eine Zwei-Drittel-Mehrheit in Monaco war nötig gewesen, um das Programm abzusegnen.
Kernpunkte des Pakets sind, die Macht des Präsidenten und des IAAF-Councils zu beschränken, zudem soll eine neu zu gründende Integritätskommission in Zukunft verbandsunabhängig für die Themen Doping, Manipulation, Korruption sowie Interessenkonflikte zuständig sein.
Alle Council-Mitglieder müssen einen Integritätscheck überstehen.