Hinter dem 22-Jährigen reihten sich sein Markenkollege Robert Wickens und BMW-Pilot Maxime Martin ein.
Als bester Audi-Pilot belegte der Mindener René Rast den vierten Rang. Ex-Champion Gary Paffett (Mercedes) geht von Startplatz neun in sein 150. DTM-Rennen, Vorjahresmeister Marco Wittmann (BMW) kam nicht über Rang elf hinaus.
Für Auer ist es die fünfte Pole im 38. DTM-Rennen. Der Neffe des neuen DTM-Chefs Gerhard Berger hatte im Vorjahr auf dem Lausitzring seinen ersten DTM-Sieg gefeiert, beim Auftakt der neuen Saison beeindruckte er Anfang Mai auf dem Hockenheimring mit den Plätzen eins und vier.
Der vierte Saisonlauf steht am Sonntag auf den Programm, das Qualifying auf dem Lausitzring beginnt am Sonntag um 11.30 Uhr.