Der 31-Jährige vom Team Garmin eroberte bei der 95. Auflage im abschließenden Einzelzeitfahren über rund 28 Kilometer durch Mailand als Sechster noch das Rosa Trikot und feierte den größten Erfolg seiner Laufbahn.
Der Gestamterfolg gelang Hesjedal ohne Etappensieg. Er setzte sich dennoch mit 16 Sekunden Vorsprung auf seinen spanischen Kontrahenten Joaquim Rodriguez aus dem Katjuscha-Team des deutschen Teamchefs Hans-Michael Holzer durch.
Gesamt-Dritter wurde der Belgier Thomas de Gendt, der den Italiener Michele Scarponi noch auf Rang vier verdrängte - somit war erstmals seit 1995 kein Akteur der Gastgeber in der Endabrechnung auf dem Podest. De Gendt hatte am Samstag die schwere Bergetappe über 218 Kilometer mit Ziel am Stilfser Joch gewonnen.
Im Zeitfahren 47 Sekunden abgenommen
"Das ist eine große Freude. Ich wusste schon, als die Fahrt begonnen hat, dass ich stark bin. Meine Fans in der Heimat haben mich unheimlich unterstützt", sagte Hesjedal. Er hatte die Spitzenposition auf der 15. Etappe an Rodriguez verloren, diesem im Zeitfahren aber 47 Sekunden abgenommen.
Den Kampf gegen die Uhr auf der 21. Etappe entschied der Italiener Marco Pinotti vor dem Briten Geraint Thomas (0:39 Minuten zurück) und Jesse Sergent aus Neuseeland (0:53) für sich.
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