Tony Martin (QuickStep) aus Cottbus landete als bester Deutscher auf dem 22. Platz. In der Gesamtwertung führt weiter der zweimalige Tour-de-France-Sieger Alberto Contador (Tinkoff-Saxo) mit zwölf Sekunden Vorsprung auf seinen Landsmann Valverde.
Die Baskenland-Rundfahrt endet am Samstag mit einem anspruchsvollen Einzelzeitfahren über 24 km durch Markina-Xemein, bei dem Weltmeister Martin seinen zweiten Etappensieg einfahren will.
Der 28-Jährige hatte am Dienstag das zweite Teilstück für sich entschieden und dabei seinen ersten Saison-Einzelerfolg gefeiert.