Der dreimalige Tour-de-Suisse-Sieger, der im Gesamtklassement Platz 13 mit fast 13 Minuten Rückstand auf Spitzenreiter Vincenzo Nibali (Italien) geführt worden war, hatte bereits in der vergangenen Woche mit einer Bronchitis zu kämpfen.
"Costa war am Ruhetag am Montag nach einer Röntgenuntersuchung, die den Ausbruch einer Lungenentzündung zeigte, dazu gezwungen aufzuhören", hieß es im offiziellen Statement des Teams.
Tour de France 2014: Die Gesamtwertung