Der 23-Jährige vom Continental-Team Hincapie kam auf dem 169,8 km langen Abschnitt mit Start und Ziel in San José mit 1:06 Minuten Vorsprung auf den Slowaken Peter Sagan (Tinkoff-Saxo) ins Ziel, 55 km war Skujins alleine im Wind gefahren.
Im Gesamtklassement liegt Skujins 32 Sekunden vor Sagan, Dritter ist der Brite Rob Britton (SmartStop). Bester der drei deutschen Profis im Feld ist Sky-Fahrer Christian Knees (Bonn) auf Platz 28 (+1:17 Minuten).
Die vierte von acht Etappen führt am Mittwoch über 172,2 km von Pismo Beach nach Avila Beach. Die Tour of California endet am Sonntag in Pasadena.