Nach 213,5 km von Contres nach Commentry hatte Bouhanni den Prolog-Sieger Matthews blockiert, der Franzose wurde daraufhin auf Rang drei hinter dem Australier und Niccolo Bonifazio aus Italien zurückgestuft.
Der deutsche Topsprinter Andre Greipel (Rostock/Lotto-Soudal) verpasste als Siebter den Sieg am Ende klar, Marcel Kittel (Arnstadt/Etixx-Quick Step) hatte mit dem Kampf um die vorderen Plätze nichts zu tun.
Die dritte Etappe führt am Mittwoch über 168 km von Cusset nach Mont Brouilly. Die Fernfahrt endet am kommenden Sonntag in Nizza.