Auf die Gesamtwertung hatte das zwölfte Teilstück keine großen Auswirkungen. Der Kolumbianer Nairo Quintana (Movistar) fährt weiterhin im Roten Trikot und führt mit 54 Sekunden Vorsprung vor dem britischen Tour-de-France-Sieger Christopher Froome (Sky) und seinem Teamkollegen Alejandro Valverde (Spanien/1:05 Minuten zurück).
Die 13. Etappe führt die Fahrer am Freitag über 213,4 hügelige Kilometer von Bilbao nach Urdax-Dantxarinea quer durch das Baskenland.