Der 25 Jahre alte Klassikerspezialist Degenkolb hatte sich auf dem fünften Teilstück von Ypern/Belgien nach Arenberg einen rund zwei Zentimeter langen Riss im großen Gesäßmuskel zugezogen.
Der Mannschaftsgefährte des dreimaligen Etappensiegers Marcel Kittel war bei schwierigen Verhältnissen wiederholt zu Fall gekommen und musste eine schwerere Verletzung befürchten.
"Glücklicherweise ist nichts gebrochen", sagte Teamarzt Nando Liem: "John wird diese Woche Schmerzen haben, aber er ist ein starker Fahrer und wird sich in den kommenden Tagen hoffentlich gut erholen."