Federer hatte in der zweiten Runde 6:3, 7:5 gegen den Hamburger Alexander Zverev gewonnen.
Das Jahr 2016 steht für den Grand-Slam-Rekordsieger bislang unter keinem allzu guten Stern. Nach den Australian Open hatte der 34-Jährige wegen einer Knie-Operation eine 75-tägige Matchpause einlegen müssen. Bei seinem Comeback Mitte April in Monte Carlo war der siebenmalige Wimbledonsieger im Viertelfinale an dem Franzosen Jo-Wilfried Tsonga gescheitert.
Zuvor hatte Federer wegen Magenproblemen seine bereits für Miami geplante Rückkehr verschoben und musste auch in der vergangenen Woche in Madrid wegen einer im Training aufgetretenen Rückenverletzung kurzfristig absagen. Federer hat in dieser Saison bislang erst 15 Matches gespielt, von denen er elf gewann. Bei den Australian Open war er im Halbfinale am späteren Turniergewinner und Branchenführer Novak Djokovic (Serbien) gescheitert.
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