Damit muss der zweimalige Europameister weiter auf den ersten Einzug in die Runde der besten Acht eines WM-Turniers warten.
"Ich bin sehr enttäuscht, aber ich habe mir nichts vorzuwerfen", sagte der 28-Jährige nach seiner Niederlage: "Ich habe insgesamt eine gute Leistung gezeigt, nur leider habe ich meine Chancen zum 2:0 und 3:1 nicht genutzt."
"Koki Niwa hatte bei hohem Risiko eine unglaublich hohe Trefferquote", fügte Ovtcharov hinzu: "Am Ende war es ein Spiel auf Augenhöhe, und ein WM-Achtelfinale mit zwei Punkten zu verlieren, ist extrem ärgerlich."
Timo Boll steht im Viertelfinale
Durch Ovtcharovs Aus ist Rekordeuropameister Timo Boll (Düsseldorf) der einzige Deutsche im Viertelfinale. Der 36-Jährige war bereits am Samstag zum vierten Mal in Folge in die WM-Runde der letzten Acht eingezogen.
Boll muss im Kampf um seine zweite WM-Einzelmedaille nach Bronze von 2011 am Sonntagnachmittag (15.00 Uhr) gegen seinen WM-Doppelpartner und Chinas Olympiasieger Ma Long antreten.
Boll ist dabei die letzte Hoffnungen der Gastgeber auf eine zweite Medaille bei der Heim-WM. Im Mixed hatte die Mannschafts-Olympiazweite Petrissa Solja (Berlin) mit dem chinesischen WM-Zweiten Fang Bo bereits Bronze gewonnen.