Zuvor hatte Denise Grahl am Freitag über 50 m Freistil die einzige deutsche Schwimm-Medaille in Rio de Janeiro gewonnen.
Für Schmidtke, der an einer Dysmelie beider Beine und des linken Arms leidet, war es die zweite Paralympics-Medaille.
Bei seiner Premiere 2012 in London hatte er Silber gewonnen, ebenfalls über 100 m Brust.