Der Stürmer solle "jetzt schön in den Urlaub fahren, sich gut vorbereiten und seine Zukunft beim FC Bayern sehen", erklärte Hoeneß weiter.
Wagner hatte nach nur acht Länderspielen seinen Rücktritt aus der Nationalmannschaft erklärt, nachdem Bundestrainer Joachim Löw ihn nicht in den vorläufigen 27er-Kader für die WM in Russland berufen hatte.
"Für mich ist klar, dass ich mit meiner Art, immer offen, ehrlich und direkt Dinge anzusprechen, anscheinend nicht mit dem Trainerteam zusammenpasse", sagte er der Bild. Er könne Löws Entscheidung nicht ernst nehmen.