Der 29-jährige Spanier absolvierte am trainingsfreien Montag auf dem Gelände des deutschen Fußball-Rekordmeisters erstmals nach seiner Leistenoperation ein Lauftraining.
Thiago hatte sich Mitte des Monats kurzfristig dem Eingriff unterzogen, nachdem er bereits länger über Leistenprobleme geklagt hatte.
"Wir machen jetzt einen Strich und hoffen, dass er schnell wieder gesund ist, vielleicht sogar im Pokalfinale", hatte Flick am 12. Juni erklärt und von einer voraussichtlichen Ausfallzeit von "drei Wochen" gesprochen.