"Manchester United hat die selbe Problematik wie die Bayern: Ein Mann hat den Verein über viele Jahrzehnte geführt und groß gemacht, daher wird er immer Ansprechpartner für viele im Klub sein", sagte Magath in der Talk-Sendung Sky90. "Deshalb bestimmt er auch nach seinem Abgang noch mit, was dort passiert. Nur nicht mehr offiziell."
Der FC Bayern gewann seit Hoeneß' Abschied als Präsident im Herbst 2019 immerhin das Triple und einen weiteren Meistertitel. United wartet dagegen auf einen Meistertitel, seit Ferguson das Traineramt 2013 geräumt hat. Aktuell fungiert der 80-jährige Schotte als Vorstandsmitglied.
Hoeneß' Rolle im Hintergrund beim FC Bayern sei vor allem für den aktuellen Sportvorstand Hasan Salihamidzic "ein Problem", wie Magath mutmaßte: "Er muss die Dinge zuvor mit Hoeneß besprechen, wenn es um Verträge wie bei Robert Lewandowski oder Manuel Neuer geht." Ähnliches gelte für den seit 2021 fungierenden Vorstandsvorsitzenden Oliver Kahn. "Ich weiß nicht, ob Kahn sich freischwimmen kann", sagte Magath.
Magath trainierte den FC Bayern von 2004 bis 2007 und gewann in dieser Zeit zweimal das Double. Zuletzt war Magath als Global Sports Director für die Fußball-Niederlassungen der Firma Flyeralarm Würzburger Kickers und Admira Wacker Mödling tätig.