Der 33-Jährige hatte das Champions-League-Spiel gegen Viktoria Pilsen (5:0) und den Bundesliga-Gipfel bei Borussia Dortmund (2:2) verpasst.
Im Rückspiel in Pilsen am Mittwoch dürfte Müller wieder dabei sein.
Offen ist hingegen, ob Matthjis de Ligt (Adduktorenprobleme) und Alphonso Davies (Verdacht auf Gehirnerschütterung) am Mittwoch beim tschechischen Meister wieder mitwirken können.
Davies meldete sich am Sonntag via Instagram zu Wort und kündigte an, dass er "bald auf dem Feld zurück sein" werde.