Der BVB hat zunächst Heimrecht, Leipzig tritt zuerst auswärts an. Die Hinspiele finden am 15. Februar statt, die Rückspiele werden am 22. Februar ausgetragen.
Die beiden Bundesligisten hatten als Dritter ihrer Vorrundengruppen das Achtelfinale der Champions League verpasst.
Die Begegnungen der Europa-League-Zwischenrunde im Überblick
Borussia Dortmund - Atalanta Bergamo
SSC Neapel - RB Leipzig
OGC Nizza - Lokomotive Moskau
FC Kopenhagen - Atletico Madrid
Spartak Moskau - Athletic Bilbao
AEK Athen - Dynamo Kiew
Celtic Glasgow - Zenit St. Petersburg
Roter Stern Belgrad - ZSKA Moskau
Olympique Lyon - FC Villarreal
Real Sociedad San Sebastian - RB Salzburg
Partizan Belgrad - Viktoria Pilsen
Steaua Bukarest - Lazio Rom
Ludogorez Rasgrad - AC Mailand
FK Astana - Sporting Lissabon
Östersunds FK - FC Arsenal
Olympique Marseille - SC Braga