Messi (67.) glich dabei mit seinem 15. Saisontor den Rückstand durch Karol Swiderski (57.) aus.
Miami liegt derzeit mit acht Punkten Vorsprung auf Columbus Crew an der Spitze der Eastern Conference, drei Spiele vor dem Ende der Hauptrunde ist Inter bereits für die Play-offs qualifiziert.
Am Donnerstag wartet in Columbus das direkte Duell gegen den ersten Verfolger.