Stanisic wurde in München geboren und besitzt sowohl die deutsche, als auch die kroatische Staatsbürgerschaft. Im Herbst 2018 absolvierte er zwei Länderspiele für die deutsche U19-Nationalmannschaft. Anschließend wurde er vom DFB fast drei Jahre lang nicht mehr berücksichtigt.
Nachdem Stanisic in der Sommervorbereitung des FC Bayern unter dem neuen Trainer Julian Nagelsmann einen guten Eindruck hinterlassen hatte und zu Pflichtspieleinsätzen gekommen war, bemühten sich die deutsche und kroatische U21-Nationalmannschaft um seine Dienste. Stanisic entschied sich für Kroatien.
"Meine Familie kommt aus Slavonski Brod, einer Stadt im Osten von Kroatien. Es ist ein Traum für mich, für Kroatiens A-Nationalmannschaft zu spielen", wurde Stanisic auf der Bayern-Homepage zitiert: "Der kroatische Fußball-Verband und der Nationaltrainer haben sich bereits vor Monaten intensiv um mich bemüht und mir eine Perspektive aufgezeigt. Ich freue mich riesig auf diese Herausforderung."
Bei den beiden im September ausgetragenen Qualifikationsspielen für die U21-EM 2023 stand er zwar im Kader, kam jedoch nicht zum Einsatz.
