Der 49-Jährige erhielt 84,48 Prozent der Stimmen der etwas mehr als 40.000 Wahlberechtigten - Vereinsrekord. Costa folgt auf den langjährigen Präsidenten Luis Filipe Vieira (72), der nach seiner vorläufigen Festnahme wegen Betrugsvorwürfen im Juli zurückgetreten war.
In der Folge hatte Costa die Vereinsführung bereits kommissarisch übernommen. Seine Amtszeit als Präsident dauert bis 2025. Costa spielte von 1991 bis 1994 und zwischen 2006 und 2008 für Benfica.
Anfang Juli hatten die Ermittlungsbehörden 40 Razzien in den Regionen Lissabon und Braga im Zusammenhang mit größeren Untersuchungen durchgeführt. Es ging um dubiose Finanzgeschäfte im Gesamtumfang von 100 Millionen Euro und um Untreue, schweren Betrug, Steuerhinterziehung sowie Geldwäsche. Vieira, der seit 2003 Benfica-Präsident gewesen war, hatte stets seine Unschuld beteuert.