Der Finne Mikko Hirvonen holte im Mini für das deutsche Team X-raid das bislang beste Tagesergebnis und landete auf dem zweiten Platz (+10:51 Minuten). Dritter wurde der Spanier Nani Roma (Toyota/+12:51), Gesamtsieger von 2014.
Das favorisierte Peugeot-Trio ließ am Donnerstag dagegen Federn und ermöglichte Despres damit den Sprung an die Spitze: Rekordchampion Stéphane Peterhansel verlor 15:15 Minuten, der neunmalige Rallye-Weltmeister Sébastien Loeb (beide Frankreich) benötigte 22:13 Minuten mehr als Despres. Spaniens Rallye-Ikone Carlos Sainz rutschte kurz vor dem Ziel in einen Straßengraben und verlor viel Zeit.
Giniel de Villiers (Südafrika/+24:04) mit dem deutschen Beifahrer Dirk von Zitzewitz (Karlshof) belegte den sechsten Platz. In der Gesamtwertung hat Despres nun 4:08 Minuten Vorsprung auf den zuvor führenden Peterhansel. Hirvonen (+5:04) und das X-raid-Team nutzten die Gunst der Stunde und verbesserten sich nur knapp eine Minute dahinter auf den dritten Platz.
Derweil wird die Rallye Dakar von nun an ohne zwei ihrer prominentesten Starter über die Bühne gehen. Der zweimalige Gesamtsieger Nasser Al-Attiyah (Katar) musste wegen eines Schadens an seinem Toyota aufgeben.
Bei den Motorrädern erlitt Titelverteidiger Toby Price bei einem Sturz einen Bruch des linken Oberschenkels. Spitzenreiter blieb der Spanier Joan Barreda Bort auf einer Honda.
Der schwere Schaden an der Hinterachse von Al-Attiyahs Auto, den sich der Gewinner von 2011 und 2015 auf dem dritten Teilstück am Mittwoch zugezogen hatte, konnte nicht mehr bis zum Start der vierten Etappe repariert werden.
Die fünfte Etappe führt am Freitag durch Bolivien, über 447 km WP geht es von Tupiza nach Oruro. Auf insgesamt zwölf Etappen müssen die Starter 8823 km zurücklegen, davon gehen 4093 km in die Wertung ein. Die Rallye endet am 14. Januar in der argentinischen Hauptstadt Buenos Aires.